Bevor am 18. Dezember 1767 die erste gebaute Synagoge auf dem Grundstück von Moses Liepmann in der Potsdamer Nauenschen Plantage Nr. 1, am späteren Wilhelmplatz, in Anwesenheit des Prinzen und der Prinzessin von Preußen eingeweiht wurde, gab es für die kleine jüdische Gemeinde der Stadt eine Synagoge in der Plantagen-Quergasse 4. Eingerichtet war sie mit einem rituellen Bad (Mikwe), für das eine Badefrau angestellt wurde.
Da die neue Synagoge infolge des sumpfigen Untergrundes des Platzes schon bald baufällig war, erfolgte ihr Umbau. Geweiht wurde dieser im September 1802. Aber schon 1825 bereiteten Bauschäden erneut Sorgen. 1844 waren der Keller und damit die Mikwe unbenutzbar. Aufgrund anhaltender Mängel und des knappen Platzes für ungefähr 500 Juden, beschloss die Jüdische Gemeinde Potsdams 1885 die Errichtung einer größeren Synagoge am gleichen Ort. Nach Plänen des Architekten Julius Otto Kerwien entstand sie im Stil des Neobarock.
Ihre Einweihung erfolgte am 17. Juni 1903 unter Anwesenheit zahlreicher Prominenz. Die Juden zeigten stolz, dass sie in der Potsdamer Gesellschaft integriert waren. Der Betsaal umfasste insgesamt 316 Plätze, 154 für männliche und 162 für weibliche Gemeindemitglieder. Entsprechend der Ausrichtung des Reformjudentums war die Synagoge mit einer für ihre Zeit sehr moderne Orgel ausgestattet. Otto Becker, der Organist der Potsdamer Garnisonkirche liebte es, auf ihr zu spielen.
Am 9. November 1938 wurde die Synagoge geschändet, jedoch nicht in Brand gesteckt. Ein halbes Jahr später war die Jüdische Gemeinde Potsdams gezwungen, das Gebäude zu verkaufen. Fortan diente es der im Nachbargebäude befindlichen Hauptpost als Hörsaal.
Der Bombenangriff auf Potsdam am 14. April 1945 zerstörte schließlich die Synagoge, ihre Ruinen riss man zehn Jahre später zugunsten eines Wohnhauses ab. An seine einstige Bestimmung erinnert hier heute eine Gedenktafel.
Aktuell nutzen die drei jüdischen Gemeinden Potsdams verschiedene Synagogen innerhalb des Stadtgebietes, u.a. ein ehemaliges Gebäude der Berufsfeuerwehr. Der Baubeginn für ein vom Land Brandenburg finanziertes gemeinsames Gotteshaus nach Entwürfen des Architekturbüros Haberland ist für 2020 geplant. Außerdem entsteht zur Zeit auf dem Campus der Universität Potsdam eine Übungssynagoge des Abraham Geiger Kollegs, das liberale Rabbiner und Kantoren ausbildet.
